سیداحمد بعد از 5 ماه حضور در عراق به ایران بازگشت و دو سال بعد و در پایان سال 45 دوباره مخفیانه از طریق خرمشهر به عراق رفت و این بار به دست امام (ره) ملبس به لباس روحانیت شد. او در سال 48 با فاطمه طباطبایی سلطانی دختر آیت الله طباطبایی ازدواج کرد. سومین سفر فرزند امام(ره) به عراق در سال 52 بود که علاوه بر عراق به لبنان نیز رفت و با امام موسی صدر و شهید مصطفی چمران دیدار کرد و در پایگاه نظامی چمران آموزش نظامی دید.

او در سال‌های تبعید امام (ره) مسئولیت انتقال پیام‌های امام (ره) و ارتباط با انقلابیون را در ایران به عهده داشت و در جلسات شهید آیت‌الله سعیدی و مجمع وعاظ انقلابی تهران نیز شرکت می‌کرد و در تأمین بودجه گروه‌های مبارزاتی نقش داشت.

سید احمد پس از شهادت سیدمصطفی خمینی در سال 56 در اوج مبارزات انقلابی، مسئولیت بیت امام (ره)‌ را در نجف بر عهده گرفت و در سال 57 نقش اصلی مشاوره به امام (ره) راجع به سفر ایشان به فرانسه را به عهده داشت. در نوفل‌لوشاتو مسئول قرارها، مصاحبه‌ها و ارتباطات امام (ره) بود و فعالیت‌های فشرده‌اش در آنجا باعث شد که چندین مرتبه بستری شود.

سیداحمد خمینی در 12 بهمن 57 به همراه امام (ره) از پرواز انقلاب پا به فرودگاه مهرآباد گذاشت و در مدرسه علوی نیز مسئولیت هماهنگی‌های فعالیت‌های امام (ره)‌ را به عهده گرفت. او در طول 11 سال رهبری امام خمینی (ره) همواره در کنار ایشان بود و با کمک حدود 20 نفر افراد مطمئن و کارآزموده اداره بیت امام (ره) را ‌با کمترین هزینه انجام می‌داد.

در دوران دفاع مقدس مسئول کسب اطلاعات و آخرین وضعیت نیروها، موضع‌گیری‌ها و رساندن اخبار به امام (ره) و ابلاغ سریع پیام‌های سری و علنی امام(ره) بود و در جلسات شورای عالی دفاع و فرماندهان نظامی شرکت می‌کرد تا علاوه بر رساندن پیام امام(ره)، نظرات خودش را نیز مطرح کند.

نزدیکان و یارانش امانتداری، رازداری و ترجیح مصالح اجتماعی به مصالح فردی را از خصوصیات بارز او می‌دانند. همچنین خلق گشاده، دوری از کینه‌ورزی و فرار کردن از تجمل و تشریفات از دیگر خصوصیات نقل شده یادگار امام(ره) است. تا آنجاکه وقتی در جایی که بویی از تجمل و تشریفات داشت حاضر می‌شد اظهار می‌کرد که «احساس می‌کنم دارم خفه می‌شوم».

او همچنین رسیدگی به امور مردم را از تکالیف می‌دانست و می‌گفت: «خوب کسی نیست که فقط ذکر و ورد بگوید بلکه کسی است که همزمان با انجام تکالیف فردی شرعی‌اش به درددل مردم برسد و در حدی که در توان دارد باری از مشکلات آنان بردارد و وجودش مایه رفع گرفتاری‌ها باشد نه سببی برای مشکل کردن زندگی برای دیگران.»

در 14 خرداد 68 تصویری از سید احمد خمینی بر دل‌ها نقش بست که تا مدت‌ها فراموش نمی‌شود. او پس از درگذشت پدر و مرادش تمامی تیم پزشکی را از اتاق امام (ره) بیرون کرد و در تنهایی سر بر پیشانی رهبر فقید انقلاب گذاشت و گریست. در 5 سالی که بعد از این اتفاق زنده بود کمتر کسی برق شادی را در چشمان او مشاهده کرد.

او پس از درگذشت امام(ره) از پذیرفتن سمت‌های رسمی و اجرایی خودداری کرد و گفت: «می‌خواهم مثل گذشته فرزند امام (ره) و مدافع ارزش‌ها و آرمان‌های او باقی بمانم». البته به حکم رهبر معظم انقلاب به عضویت مجمع تشخیص مصلحت نظام، شورای عالی امنیت ملی و شورای عالی انقلاب فرهنگی درآمد و به دلیل علاقه‌ای که به رسیدگی به امورات محرومین داشت عضو هیأت امنای کمیته امداد امام خمینی (ره) نیز شد.

سید احمد خمینی در مشی سیاسی یک خط امامی به معنای واقعی بود و به حفظ تعادل در انجام امور سیاسی اعتقاد داشت و در میان چپ و راست سیاسی آن زمان، خط سومی را رهبری می‌کرد و معتقد بود که حفظ تعادل در برخورد با جریانات فکری سیاسی که در اصول انقلاب و نظام هم عقیده هستند یک اصل لازم برای بقای انقلاب است و تجمع تمام قشرها و گرایش‌ها به راه امام (ره) زیر خیمه ولایت یگانه راه تداوم انقلاب به حساب می‌آید.

او در 12 خرداد 71 در صحبت‌هایی با اشاره به احتمال به وجود ‌آمدن انحراف در انقلاب، در مرقد امام (ره)،‌ بیان کرد: «نگذارید انقلابی که این همه صدمه خورده و این همه دنیا در مقابلش ایستاده از مسیر خودش منحرف شود. مسئولین شما هم چنین اجازه‌ای نخواهند داد. ما اینجا با اماممان پیمان می‌بندیم، با خانواده‌ها شهدا پیمان می‌بندیم و با فرزندان شهدا در کنار امام(ره) پیمان می‌بندیم که لحظه‌ای از اسلام ناب محمدی (ص) عدول نخواهیم کرد.»

رهبر معظم انقلاب اسلامی در یک مصاحبه با مسیح بروجردی نوه امام در سال 74، سید احمد خمینی را یک عنصر قابل، لایق و باهوش دانستند که انسانی بی رودربایستی بود و از بن دندان به انقلاب اعتقاد داشت.

یادگار امام به آزادی بیان اعتقادی راسخ داشت، همان‌طور که در 17 اردیبهشت 69، گفت: «یکی از مسائل مهم و مورد تأکید حضرت امام (ره) دفاع از حریم آزادی واقعی و اسلامی است. طلاب و دانشجویان باید درکمال آزادی حرف خود را بزنند و انتقادات و آرای خود را مطرح کنند. اصلاً‌ بحث آزادانه از جاذبه‌های اصلی در یک نظام اسلامی و مردمی است. دانشجویان باید خودسانسوری را کنار بگذارند و در بیان مشکلات و مسائل جامعه مشارکت فعالانه داشته باشند. اگر بخواهیم دانشگاه‌ها و مجامع علمی پشتوانه قوی نظام و انقلاب باشند باید فاصله این قشر شریف را از حاکمیت و کارگزاران کم کنیم. اگر مسائل گوناگون سیاسی، اقتصادی و فرهنگی با تبادل نظر کارگزاران و صاحب نظران دانشگاهی مورد بررسی قرار بگیرد مسلماً می‌تواند در راهگشایی مشکلات موجود موثر باشد. ما باید برای هدایت نسل‌ها و تثبیت ارزش‌های انقلاب و جوابگویی به مسائل جهان اسلام به دنبال رشد و تعالی همه جانبه آحاد ملت اسلامی به خصوص دانشگاهیان و طلاب باشیم. اگر حرکت دانشگاه‌ها و حوزه‌ها به درستی هدایت نشود در ‌آینده یقیناً ضربه خواهیم خورد».

سیداحمد خمینی 5 روز پیش از درگذشتش در مصاحبه‌ای که عملا نشان می داد به آزادی بیان اعتقاد دارد ، گفته بود: «الان داخل شانزدهمین سال از انقلاب اسلامی هستیم و هنوز بعضی از مسئولین حتی مسئولین نهادهایی که پس از انقلاب تأسیس شده‌اند مشکلات مدیریتی و مسائل خود را به گردن رژیم گذشته می‌اندازند و ندانم‌کاری‌های خود را ناشی از مشکلات بجا مانده از رژیم طاغوت می‌دانند. ایضاً بعضی‌ها همه نقاط ضعف و بی‌کفایتی خود را با هیاهو به گردن استکبار جهانی و ‌آمریکا انداخته و از زیر بار مسئولیت شانه خالی می‌کنند.»

یادگار امام (ره) در دو سال پایانی عمر خود برای دوری از حاشیه ها در منطقه کویری کوشک نصرت مابین تهران و قم، بیشتر وقت خود را به خلوت و تنهایی در کویر می‌گذراند.

گویا اسفند، ماه سرنوشت سید احمد خمینی به حساب می آمد. متولد اسفند 1324 در 21 اسفند 1373 بر اثر عارضه قلبی و تنفسی که منجر به ایست کامل قلب و تنفس شد سکته مغزی کرد و بعد از 5 روز در شامگاه 25 اسفند 73 در 49 سالگی دار فانی را وداع گفت تا جامعه ایرانی را در بهت و اندوه فرو برد. یادگار امام اما با به یادگار گذاشتن سیدحسن، سیدیاسر (رضا) و سیدعلی، انقلاب را از داشتن یادگاران امام(ره) خالی نگذاشت.